Java EE 5 é a nova versão do J2EE (agora chamada de Java EE). Portanto é um servidor de aplicações (versão gratuita do Sun Java System Application Server PE 9), com EJB3, Java Persistence, e outras especificações atualizadas.
Cara, eu tb não sei muito bem sobre o sdk do J2EE, mas é kit de desenvolvimento para JavaEE, não tem nada a ver com o jdk que é para JavaSE.
Acho que ele vem com um servidor de aplicações onde vc pode rodar JSP, Servlets e EJB.
(Se eu estiver errado podem comunicar)
Exatamente. Ele é grande e pesado porque já vem com tudo que você precisa para rodar - existe até uma distribuição que vem com uma IDE também (Netbeans 5.5 beta).