Tabelas geradas pelo Hibernate InnoDB em vez de MyISAM

Assuntos Gerais
#1

O hibernate gera as telas das minha entities porém eles estão sendo geradas como MyISAM, e eu preciso que sejam InnoDB para garantir a referência entre elas.
Aonde posso configurar isso?

[Editado]

O dialeto tá como InnoDB
org.hibernate.dialect.MySQLInnoDBDialect

#2

Como o SGBD foi instalado?
Como vc está criando o banco?

Eu sinceramente acho que é configuração errada na hora de instalar o MySQL.

#3