Tem como limpar a tela em java, como o clrscr() em C

Não existe não!!!

Nao existe, e de fato, nem vai existir. O Java nao foi feito para trabalhar com CLIs (Command-Line Interfaces), como vc pode constatar dando uma olhada nos metodos dos objetos System.in, System.out e System.err.

Talvez exista por ai alguma lib que faca a interface entre o Java e a ncurses, mas ainda assim, nao eh uma solucao muito boa de qualquer forma: ta cheio de GUI toolkit por ai (AWT, Swing, SWT sao os 3 maiores exemplos)