Termos de Segurança de dados-Integração sist. Web persistindo na base de dados "diretamente"

Oi galera, blz?

Estou participando de um processo de integração de sistemas Web (PHP e Java)… A integração é feita através
de uma persistência dos dados via Java para a tabela do sistema em PHP… A questão é o problema de
disponibilizar a http://URLSERVIDOR:3306 na Internet pois alguém poderia conseguir invadir o servidor
pois os dados não são criptografados…

Web Services não seriam muito complexos para uma questão simples desta?

Alguém tem alguma sugestão?