Tomcat 6 e GlassFish

Estou com uma aplicação web onde a compilo tanto no Tomcat 6 como no Glasfish V2
isso no futuro pode me gerar alguma incompatibilidade? Pois como utilizo Subversion, meu chefe esta trabalhando com o Glasfish e eu com o Tomcat 6, mas a minha aplicação não esta mais rodando com o tomcat, e eu suponho que seja o fato do meu chefe utilizar outro servidor de aplicação e depois dar comit no projeto…
Valew.