Tomcat com IIS

É só deixar os dois rodando oras … e garantir que não está tentando usar a mesma porta para os dois.

Você tem que baixar o jakarta-tomcat-connectors no site do Apache.
Quando você descompactar o arquivo, vai ter um diretório “doc”.
Dentro dele tem um arquivo que ensina como integrar o IIS com o Tomcat.

A duvida foi deixar os dois rodando na mesma maquina, ou integrar os dois?

Para rodar na mesma máquina é só verificar as portas mesmo.
Mas… uma vez que estão rodando na mesma máquina, por que não integrá-los???