quando vc adiciona o server em File>New>Other…
vc tem que escolher server então vai escolher tomcat na versao que vc tem e vai dar finish.
apos isso aparece uma pasta no teu workspace com o teu server!!
la tem todas as config do server quando o server é usado pelo eclipse.
na view servers vai apareser seu tomcat clicando duas vezes nele aparece a config dele e tem um link para ver o launch configuration… la vc verá em arguments o paramentro de vm chamado -Dcatalina.home que diz o endereço do teu tomcat!!!
em classpath ele vai te mostrar o bootstrap entries que vai ter tua JDK que vc especificou quando configurou o runtime do tomcat no eclipse…
na view servers clicando com o direito no seu tomcat vc pode escolher Start…
e o eclipse vai fazer o start de teu tomcat…
lembrando que provavemnente só vai funcionar as apps que vc mandou rodar no eclipse se vc quer rodar um war que ja está dentro do tomcat vc nuam precisa do eclipse…