Tomcat deixa de exibir a pagina

Boa tarde

Estou tendo um problema em minha aplicação porque o processo que ela executa demora aproximadamente 2 horas até mais dependendo do arquivo.
Esse processo faz a leitura de um arquivo txt e insere no banco de dados.

Essa rotina funciona perfeitamente o problema se dá pelo fato de em um determinado periodo a pagina da minha aplicação deixa de ser exibida e o IE diz: o Internet Explorer nao pode exibir a pagina da Web. e o processo que ela estava desenvolvendo continua rolando porque fiz um println na leitura do arquivo e o console do NetBeans continua executando a leitura e persistencia.

Achei que ela o tempo de minha sessao e passei de 30m para 200 mas acho que não era isso

Alguem sabe o que pode ser.