O meu tá fazendo log de boa com esse apache-tomcat-6.0.20\conf\logging.properties aí em anexo.
Apaga todos os arquivos de log de dentro da pasta logs antes de dar boot no apache.
e checa todos os arquivos, pois pode estar gravando no arquivo errado.
Muita coisa cai nos arquivos catalina.*.log , mas tudo depende de como você está tentando jogar informações neles.
Se você estiver usando o Log4j na sua aplicação - separadamente do log4j do apache - é provável que seus logs estejam em outra pasta, que foi configurada no seu log4j.
Porém, se você está usando saídas de sistema - ex. System.out.println() - elas serão gravadas no localhost.*.log ( eu acho )
Se quiser jogar um erro , usa System.err.println().
rubensdemelo
Mas o log não está sendo mostrado dentro da sua IDE?
Você já tentou iniciar ele pelo startup.bat e verificar se ele exibe alguma coisa no console do DOS?