Tomcat x JBoss

Qual servidor é mais usado e “melhor” Tomcat ou JBoss?

Depende…
TomCat = Servlet Container
JBoss = EJB Container

ou seja, funções diferentes.
Jboss é mais “pesado” pois ele contém o Tomcat também

Você vai usar EJB, JMS?
Não? Então use o Tomcat(ou Jetty conforme têm sugerido por aqui).