Tomcat x Jdeveloper

Prezados,
Alguém saberia me dizer como faço referencia a um arquivo de scripts que sirva tanto para o Jdeveloper como para o Tomcat ?? Ocorre o seguinte qd faço referecia ao script ele roda no jdeveloper, mas não no tomcat, ex:
a referencia é para o scripts/menu.js, coloco /scripts/menu.js, /…/scripts/menu.js, \scripts\menu.js, scripts/menu.js. fiz de tudo, mas ou roda no Jdeveloper ou no Tomcat, mas nunca nos dois. Alguém saberia uma solução???