Trabalhar com arquivo de texto

Amigos, Boa tarde!

Eu estou com dificuldade de trabalhar com um arquivo de texto.
É o seguite, eu preciso que minha aplicação leia um arquivo .txt, substitua os TABS por virgulas e tudo que estiver antes das virgulas ele coloque em “de preferencia”, um vetor de String strCodigo, para que depois eu possa comparar o tamanho de cada elemento do meu vetor, caso ele tenha 1 caractere eu coloco “0000”, se 2 caractere “000” e assim por diante até 5 carecteres “aí não adciona mais nada”.

Eu não consigo fazer isso!. rsrs

Agradeço qualquer ajuda, abaixo vai meu código, de preferencia, podem modifica-lo, para melhor entendimento.

Obrigado.

  private void buttonGerarArquivoMouseClicked(java.awt.event.MouseEvent evt) {                                                
        
        try{
            BufferedReader input = new BufferedReader(new FileReader("C:\Gerador\HORA300.txt"));
            try{
                String line = null;
                FileWriter arquivo;
                PrintWriter escrever;
                String texto = null;
                String strCodigo = "";
                String strData;
                String strHora;
                String strDoc = null;
                int cont;
                
                arquivo = new FileWriter("C:\Gerador\HORASAF.txt");
                escrever = new PrintWriter(arquivo);
                line += line = input.readLine().replaceAll("\t",",");
                
                
                // enquanto a linha for diferente de nulo
                while (line != null){

                    // é acresentado 1 a cont até que chegue no final da linha
                    for (cont = 0; cont < line.length();cont++){
                       
                        // se o caractere atual for diferente de ,
                        if (line.charAt(cont) != ','){
                           
                            // strCodigo recebe ele mesmo mais o caractere atual
                            strCodigo += line.charAt(cont);

                        }// fim do if
                    }// fim do for

                    strCodigo += "\n";
                    line += input.readLine().replaceAll("\t",",");

                }// fim do while
                
                arquivo.append(strCodigo);
                arquivo.close();
                
            }catch(java.io.IOException ioex){
                
            }finally{
                input.close();
            }
        }catch (IOException ioe){
            
        }
    }