Struts - Framework MVC. Model View Controller é um padrão de desenvolvimento onde a regra de negocio (Model) é separada da interface (View) e controladas por um controlador (Controller). O Struts provê conponentes prontos, como um controlador, para facilitar o desenvolvimento de aplicação no padrão MVC. Opinião: está meio desgastado ultimamente, ficou bem pra trás dos novos frameworks como Webwork, Mentawaii e outros…
Hibernate - Framework de persistencia. Permite mapear objetos Java para tabelas de banco de dados relacionais, sem necessidade de codigo SQL.
JBoss - Servidor de aplicações Java EE, gerencia todo o ciclo de vida de componentes da tecnologia Java EE, é onde rodam os EJB’s. Alem do JBoss há inumeros outros serviços como Apache Geronimo, Glass Fish, Jonas, OC4J, Websphere, Weblogic, etc…
EJB - Componentes desenvolvidos para desempenhar uma tarefa especifica na aplicação, eles são disponibilizados em um servidor de aplicação que gerencia o seu ciclo de vida. É um dos principais componentes da tecnologia Java EE.
Servlets - São componentes Java que respondem a requisições HTTP, basicamente tudo o que você chama do browser para uma aplicação Java cai em um Serlvet. Um JSP tambem é um Servlet.
Tomcat - Container servlet da Apache, responsavel por gerenciar a execução de Servlets. Há outros tambem como o Resin, mas o Tomcat é o mais usado.
Mas se você é realmente novo no “mundo mágico do java” não deveria se preocupar muito com essas coisas e sim com o basico da plataforma.