Bom dia.
Alguém conhece um material bem explicativo e detalhado sobre JNI?
Oi.
JNI é uma tecnologia para poder acessar via Java, DLLs de aplicações escritas em outras linguagens.
É isto mesmo que você precisa?
Dá uma procurada no portal:http://www.java.net/
Se eu não me engano já vi alguma coisa disto lá.