Preciso unir n arquivos de som, e gerar um só a partir da união desses.
Os arquivos estão no mesmo formato?
Dê uma olhada no pacote javax.sound:
http://java.sun.com/j2se/1.4.2/docs/guide/sound/programmer_guide/chapter7.html#114527
http://java.sun.com/j2se/1.4.2/docs/guide/sound/programmer_guide/contents.html
Sim estão no mesmo formato