Galera,
Estou fazendo alguns testes com Hibernate em relação a relacionamento One-To-Many.
Eu tenho 2 classes: Setor e Cargo. 1 Setor possui vários cargos e um cargo está relacionado a um setor.
Mapeei da seguinte forma
public class Setor {
Você altera direto no objeto, removendo ele da coleção (cargos) do setor 1 e adicionando-o na coleção do setor 2.
Mas se você precisa fazer este tipo de alteração, considere usar o relacionamento @ManyToOne de cargo pra setor, ao invés de @OneToMany de setor para cargos.