Upload, Download, e edição de arquivos via web

Galera, eu tava com uma aplicação local que trabalhava com Flex e Java, agora to passando para online.
Isso muda tudo os processos com arquivos que antes eram locais.

Alguem sabe como faz pra eu mudar a leitura que antes era feita local tipo:

BufferedReader reader = new BufferedReader(new (pastaDaApp);

esse pastaDaApp era direto na maquina, agora eu tenho que passar pra uma url. Como faço?

Obrigado,

Rafael

Servlet