Oi kfazolin. Fiz uns testes e você pode usar duas PUs, mas há um porém.
Para usar duas (ou mais) PU em um mesmo projeto basta fazer um persistence.xml como esse aqui:
<persistence ...>
<persistence-unit name="projectA" ...>
[...]
</persistence-unit>
<persistence-unit name="projectB" ...>
[...]
</persistence-unit>
</persistence>
E nas classes Java quando você injeta o entity-manager você precisa dizer qual a PU:
public class UserRepository {
@PersistenceContext(name="projectA")
EntityManager emA;
@PersistenceContext(name="projectB")
EntityManager emB;
}
E isso funciona bem. Fiz uns testes em um projeto que tenho aqui e que usa EJB/JPA no Glassfish e funcionou tudo bem. Você pode então ter a entidade Usuario em uma base de dados e a entidade Grupo em outra base de dados. Basta você diferenciar a PU na hora de injetar.
A limitação disso é que você não consegue fazer relacionamentos com classes de PU diferentes. No exemplo que eu te dei acima você não consegue fazer um relacionamento entre Usuario e Grupo direto na classe. Você precisará fazer o find manual.
Não sei se eu consegui te explicar, qualquer coisa, me avise.
Uma sugestão que eu te dou, se teu projeto permtir, use dblink. Assim você faz o mapeamento transparente.
Abraços