Utilizar confirm do javascript dentro de um servlet!

Ola pessoal, estou tentando criar um mecanismo para confirmar uma ação com o usuário para que seja ou não exeutado um método.
Tentei com confirm do javascript mas não consegui chamar o método do servlet dentro da condição if(var=true){} do javascript. O problema é que o método é sempre executado, sendo a condição verdadeira ou falsea, se alguem tiver uma idéia eu agradeço. Segue o código do javascript no servlet.


 PrintWriter comfirmaComCliente = response.getWriter();
 comfirmaComCliente.println("<script language='javascript'>");
 comfirmaComCliente.println("var comfirma = confirm(\'Esta tarefa tem um período de duração superior a seis horas, você confirma seu encerramento ?\');");
 comfirmaComCliente.println("if(comfirma==true){ tentei chamar o método java aqui. Assim "+ metodo()+"});
 comfirmaComCliente.println("}else{");
 comfirmaComCliente.println("location.href='encerraTarefa.jsp';");
 comfirmaComCliente.println(" }");
 comfirmaComCliente.println("</script>");
 comfirmaComCliente.close();

Uma dica não use html os js dentro de uma servlet e não coloque Java no JSP:

if(confirm("Deseja realmente excluir essa Loja?")){
    document.forms[0].hidAction.value="Excluir";
    document.forms[0].action="suaServlet";
    document.forms[0].submit();
}

Kra, pq vc não coloca esse confirm do JavaScript em um onSubmit de seu form ?

Fica BEM mais higiênico.