Utilizar o conceito de classes abstratas é opcional/muito usado?

O fato de ser ou nao muito usado, nem sempre implica que é uma boa prática. O mais comum aliás é você encontrar muito código por aí usando vários anti-patterns (até por isso existe a expressao anti-pattern).

Sobre herança em geral, com classe abstrata ou nao, na prática é difícil de usar corretamente. O mais recomendado hoje em dia é geralmente usar composiçao ao invés de herança.
Geralmente isso deixa o código mais fácil de ser alterado no futuro, evitando esse efeito que você mencionou, por exemplo, de mexer na classe pai impactar todos filhos.

Obrigado pela resposta @AbelBueno, não conhecia o termo anti-patterns.
Bem provável que classes abstratas entrem bem nesse conceito.

Trabalhar com desenvolvimento Orientado a Objeto, não é uma tarefa fácil, mas, os padrões estão ai para solucionar diversos tipos de problemas.

Utilizar uma class abstract, é sim de grande utilidade quando há um estudo do que se pretende fazer e aonde se quer chegar, só lembrando, que uma classe só é responsável por um determinado problema, e só assim você conseguiria nesse caso especifico não ficar aumentando ou diminuindo métodos (como citado na pergunta, mas, pode ser tanta coisa), trabalhando com o mais simples objeto possível e a junção/união/compartilhamento entre classes/objeto resolveria o todo.

Porque usar uma classe abstract?
Se você usar um método que seja igual a todas as classes que herdam dessa classe abstract, implemente-o na classe abstract (classe abstract pode ter código igual classes comuns, elas só não pode ser instanciadas), não precisando criar nas classe que herdam e assim diminuindo consideravelmente manutenção de código, exemplo:

Classe Animal:

package Classes;
public abstract class Animal {    
    private boolean run;
    public Animal() {        
    }
    public Animal(boolean run) {
        this.run = run;
    }    
    public boolean isRun()
    {
        return this.run;
    }    
}

Classe Pato:

package Classes;
public class Pato extends Animal {
    public Pato() {        
    }
    public Pato(boolean run) {
        super(run);
    }    
}

Verifique que o código isRun(), está na classe abstract e a classe que herda tem esse método pronto, não precisando implementa-lo na classe que herda, sendo um código padrão para todos que herdam. Essa seria uma das inclusão de uma classe abstract em seu projeto.

Utilizando:

Pato p = new Pato(true);
System.out.println(p.isRun());

Obrigado @Dragoon, agora ficou muito claro. Eu entendi o conceito errado, relendo o livro aqui só é preciso implementar métodos abstratos nas subclasses, é possível criar métodos concretos dentro das classes abstratas que não exigem implementação dentro da subclasse. (isso não tava muito bem fundamentado na minha cabeça)

Obrigado.