Olá, paulo.rogeriobr!
Acho que há várias alternativas e, para ser honesto, não sei se há uma convenção ou regra de qual a melhor forma de abordar isso. Talvez, alguém que tenha alguma vivência como DBA pode sugerir algo melhor, mas, nas experiências que tenho vivido, essa definição depende do âmbito dos projetos e de como esses aplicativos estão relacionados entre si.
Deixe-me exemplificar para ser mais claro: Por exemplo, imagine um cenário em que 2 aplicativos diferentes compartilham informações. Talvez, se eles estiverem no mesmo banco, pode facilitar na realização de consultas e, eventualmente, otimizar tais consultas em algum processo que demande alguma complexidade.
Além disso, já vi situações também em que, em uma única aplicação, havia uma tarefa tão custosa em tempo de processamento, que a opção plausível foi separar em um outro banco dentro de um novo cenário.
Espero ter, ao menos, ajudado um pouco e ter sido claro nas informações.