Vantagens e desvantagens em usar PROTECTED

protected é um intermediario entre o public e private

no protected, so podem visualizar seus atributos e metodos:
-metodos internos da propria classe
-metodos de classes que estejam no mesmo pacote que o seu
-metodos de classes que herdem da sua

maiores detalhes:
http://java.sun.com/docs/books/tutorial/java/javaOO/accesscontrol.html
dê uma olhadinha na tabela logo que aparece

Agora, quanto a vantagem e desvantagem, depende do seu projeto. VocÊ tem que ver quais metodos serao acessados por quais classes, e escolher o melhor modificador pra cada caso(public, private ou protected)

Olha ai cara, fala bastante sobre os Modificadores…

http://www.javafree.org/javabb/viewtopic.jbb?t=6941&Cap-2--Modificadores

Abraços

Para atributos:

• Quase nenhuma. Geralmente, o melhor modificador para atributos é o private.
• Métodos: Permite que as classes filhas (ou de mesmo pacote) manipulem informação não-pública, chamando esses métodos.

É bom lembrar que sempre que um método ou atributo pode ser usado por mais de uma classe (ou seja, sempre que ele não é private) teremos mais dificuldade em modificar esse método uma vez que ele seja criado. Sua interface, uma vez publicada, criará dependências em outras classes que fatidicamente terão de ser alteradas caso essa interface também mude.