Verificação de antivirus em anexos

Nunca fiz um trabalho desse tipo, mas existem versões de antivírus próprias para servidores que provavelmente disponibilizam algum serviço próprio para esse fim, de onde vc obtém um serviço na rede (sei lá, como se fosse JNDI) e faz a verificação dos arquivos. Verifique a documentação do seu antivírus ou, se for cópia capitão gancho, dê uma olhada no site dos antivírus mais usados e converse com o seu cliente para, se for o caso, comprar uma cópia.

Para esses casos eu gravo somente a path no banco e deixo o arquivo em uma pasta determinada.
Com o aquivo na pasta posso disparar o antivirus tranquilamente, agora só é preciso verificar se o antivirus pode emitir uma resposta (tipo um log em txt, etc) para vc poder ler no Java e dentro do próprio programa tomar atitude para o caso de uma possível infecção.

Seria uma saída, mas eu imagino que versões servidoras de antivírus disponibilizam algum tipo de serviço justamente pra não ter que fazer esse trabalho na mão, como vc mostrou. É o caso de pesquisar.