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bom dia, essa pergunta talvez já esteja muito manjada, mas eu vou faze-la de uma maneira mais limpa:
Comecei com Java para Desktop / Android / Web
Se eu utilizar o Eclipse Juno (O pra Java EE), posso programar pra desktop e android sem maiores problemas?
Para usar o WindowBuilder (pra criar as janelas arrastando/soltando componentes), tem que instalar o plugin dele.
No caso do Android vai precisar instalar o plugin ADT.
Eu particularmente não gosto de deixar o mesmo eclipse pra tudo, principalmente no caso do Android, que em projetos um pouco maiores ele demora muito pra preparar o projeto pra uso, o que atrasa bem a inicialização da IDE.