A melhor versão (na minha opinião) sempre é a mais atual que tenha ao menos 1 revisão (Neon já tem), isto dá tempo para que alguns distribuidores de plugins ajustem qualquer problema que venha a aparecer.
Mas, de acordo com a sua pergunta, você deve estar querendo saber qual pacote de distribuição, no caso, para trabalhar com Tomcat, pegue o pacote “Eclipse IDE for Java EE Developers” e use o tipo de projeto “Dynamic Web project”.