Na realidade a especificação Java EE é dividida em outras especificações menores, essas especificações menores são Servlets, JSP, EJB, JMS, etc…
Para ser um servidor de aplicações Java EE o servidor deve implementar todas essas especificações, como é o caso do SJAS (Sun Java Application Server), ele é um “super servidor” que possui internamente um container servlet, um container EJB, e assim por diante. O JBoss é outro exemplo de servidor de aplicações.
Porém, como nem todas as aplicações usam EJB, JMS… e acabam usando só Servlets, existe então um container separado que trata somente de servlet, que não pode ser chamdado de servidor de aplicações pois não implementa as outras especificações, antes tambem era comum encontrar container de EJB separados, mas hoje isso já não é mais usual.
Como o Tomcat é um container muito robusto e amadurecido, alguns servidores de aplicação, invés de implementar seus proprios containers usam o Tomcat, como é o caso do JBoss, e possivelmente o SJAS tambem.
Portanto, para desenvolver uma aplicação somente com JSP e Servlets tudo que você precisa é um container de servlet, como o Tomcat, mas se quiser usar outras tecnologias Java EE, precisará de um servidor de aplicações.
Se iniciou seus estudos agora, use o Tomcat mesmo, é mais facil pra você e tem muito mais documentação disponivel.