Nunca usei o soap request, dei uma estudada nas classes do pacote java.net e eles me forneceram recursos para fazer requisições em um web server. Usei o HttpURLConnection para fazer o envio http. Qual a melhor forma de fazer isso não saberia te responder.
Por ter passado por um caminho tortuoso até obter sucesso nesse projeto, vou te dar o caminho das pedras:
Se você precisar gravar no banco para depois comparar, não dá para comparar dois var binary e ver se eles são iguais. Grave o objeto serializado que faz a autenticação em um campo blob ou text e depois para comparar desserialize-o.
Isso para que você possa comparar as duas impressões ( a anteriormente gravada e a nova), no meu caso quem fez o algoritmo de comparação foi o próprio SDK que tinha um método que recebia dois parametros (dois objetos de impressao) e retornava true ou false. A autenticação rolou toda no cliente dentro da applet.
O pacote java.net tem os recursos para você enviar requisições enviando junto um objeto serializado ou parametros simples, comece tentando enviar uma requisição simples e receber no asp e depois tente enviar os objetos via http.