Não é complicado não, ele tem essa funcionalidade pronta, basta configurar…
Infelizmente não sei de cabeça e não tenho acesso a nenhum servidor websphere no momento, sendo assim não posso te informar mais passo-a-passo, mas é tudo feito pela Console Administrativa (web).
Entra na parte de configurações de segurança e procura os Security Realms. Lá você escolhe e configura seu método de autenticação (no caso será informar qual o banco de dados, nome da tabela de usuarios, de grupos, os campos, etc)