Windows 10 possui modo de defesa contra algumas ações pelo python?

Estava usando a biblioteca pyatogui para fazer algumas ações no windows 10, que incluiam mexer o mouse e digitar certos comandos. Para as funções que necessitaria, precisava entrar no CMD, porém na versão admin. O primeiro problema veio quando apareceu a tela perguntando ao usuário se esse permitia abrir o CMD no System 32, o que fazia com que meu aplicativo no python não pudesse fazer nada, que nesse caso seria clicar na opções sim.
Porém, nada de mais, o que era realmente necessário era que, quando o cmd fosse acessado após clicar a opção de confirmação, que colasse o certo código que precisava na janela e clicasse no enter.
Porém, mais uma vez, notei que nenhuma ação que realizava no python fazia efeito algum enquanto o cmd estivesse ativo na tela, isto é, ainda funcionava, porém não realizava nenhuma ação vinda do pyautogui.
Pode ser talvez algum método de proteção do windows contra alguns malwares? Ou será que é um problema mais específico? Alguém sabe de alguma maneira de permitir esse controle, pois, para meu caso, necessito. Agradeço