Windows Registry

Acho que não da não,
o mais proximo disto que você vai chegar (eu acho

é utilizando a API Preferences

se não me engano
java.util.preferences
mas da uma olhada na documentação para confirmar, to maio na correria agora e não da tempo de verificar

com a preferences, voce grava dados relativo a usuarios sem saber onde isso ta sendo guardado, e a JVM esconde pra voce.

Mexer no registro com certeza, tem de ser codigo nativo, ja que eh dependente de plataforma, nao tem jeito

é verdade depende da implementação,
mas a JVM no windows salva os dados no registry, pelo menos a da SUN