Arquivo Remessa e Retorno (Boletos)

Olá, boa tarde, gostaria de saber se existe algo, ou se tem como desenvolver. Exemplo, o usuário(Empresa) gera o arquivo remessa pelo software que ele usa, e ele precisa enviar este arquivo para o banco, então ele vai até a pasta que gerou o arquivo.REM para ele, e manualmente envia para o Banco(pelo internet Baking, dependendo do banco que ele usa), e depois o banco responde com um arquivo de retorno, e ele precisa fazer o upload deste arquivo de retorno no software em que ele usa.
Teria como o usuário(Empresa) não precisar fazer manualmente este procedimento, o próprio software fazer todos os passos de enviar ao banco? Eu não sei muito bem como funciona isso do lado do banco, se alguém tem mais experiência, responde ai por favor. Obrigado

Considerando que os bancos trabalham com padrões de segurança bem específicos, acho difícil haver alguma maneira de fazer isso automaticamente, sem intervenção manual.
Porém, se o banco disponibilizar os dados do web service para isso, é relativamente tranquilo desenvolver.

Então, eu estava pesquisando algo relacionado, eu vi que tem um software especifico para boletos, que em seu site diz que o usuário não precisa enviar o arquivo remessa, que o software faz tudo automático(para qualquer banco), provavelmente deve ter uma API em cada banco então, eu vou ver se encontro. Obrigado