O método Runtime.exec retorna um objeto do tipo Process desse objeto você pode ler a saída do programa através do InputStream como está fazendo no exemplo acima.
Mas você também pode escrever na entrada do programa utilizando o OutputStream.
Sim, mas ali você só está lendo o InputStream que contém os dados de saída do programa.
Se você quiser enviar algo para esse programa, você tem que escrever no OuputStream dele.