Classes compostas JPA

Não sei como resolver teu problema, mas faz sentido o erro que o provider está te dando. Você tá dizendo para ele que um único campo deve ser utilizado para mapear dois relacionamentos. Se você muda a Filial, o campo USU_CODEMP vai ser alterado, e o mesmo acontece para quando você mudar o Depósito.

Não sei se existe uma maneira de fazer o JPA obedecer o que você quer fazer, provavelmente tem, mas tem certeza que é isso que você quer?

Caso algum dos dois, a Filial ou o Deposito, seja imutável (caso na vida real não faça sentido trocar algum dos dois no objeto Endereco), acredito que se você seguir o conselho da mensagem de erro e defini-lo (o que não serial alterado) como read_only o problema será resolvido.

Por exemplo, se você acha que o atributo Filial do endereco nunca vai mudar, podemos defini-lo como read_only. Dessa forma, apenas o Deposito vai alterar o USU_CODEMP, se for alterado. Ainda assim, se você mudar o Deposito, vai mudar a Filial por causa do USU_CODEMP, para uma filial válida ou não.

O melhor caso seria o que nem a Filial nem o Deposito são mutáveis, todos read_only.