Como trabalhar com um vetor de super classes?

Você pode fazer um vetor do tipo da superclasse. Qual a dificuldade que está tendo com isso?

Ex:

public class Teste{

  class ClasseBase{}

  class PrimeiraDerivada extends ClasseBase{}

  class SegundaDerivada extends ClasseBase{}

  public static void main(String args[])  throws java.lang.Exception {
  	
    new Teste().metodoTeste();
  }
  
  public void metodoTeste(){
    List<ClasseBase> lista = new ArrayList<ClasseBase>();

    lista.add(new PrimeiraDerivada());
    lista.add(new SegundaDerivada());
  }
}

Obviamente, pra trabalhar com os subtipos, você precisará de cast.

Abraço.

Minha dúvida era essa.
Porque cada sub classes possui métodos a mais que a outras, inclusive mais métodos do que a superclasse tem.
Por serem diferente entre si. Mas por herdarem alguns métodos da superclasse, se eu poderia colocar tudo num vetor, já que são diferentes entre si, pensei em vetor heterogêneo

Vai do que você achar mais prático. Os métodos herdados poderão ser chamados normalmente, e os específicos precisarão de cast.

Abraço.