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Componente p:fileUpload não esta limitando os arquivos contido no allowTypes. Alguém já teve este tipo de problema?
<p:fileUpload id="certificado" mode="simple" dragDropSupport="false" multiple="false" update="msgValidacao" sizeLimit="10000" fileLimit="1" allowTypes="/(\.|\/)(pfx|p12)$/" skinSimple="true" value="#{companyBean.fileCertificate}" />
Não funciona in mode simple brother, nem o size limit, acho que foi você que perguntou la no stack né ? que eu respondi também 
se você remover o mode=“simple” já funciona, porque o default é advanced.
Excelente. Estava com esta suspeita mas não vi na documentação informando tal. Obrigado. Foi sim, pois já tinha perdido um tempo pesquisando então postei nos 2 pra ver onde respondia mais rápido.