Comunicar com relogio de ponto

Você precisa ver se a máquina de ponto fornece alguma forma de acessá-la antes de qualquer coisa. Tente procurar algo pelo modelo dela ou até mesmo pelo nome da fabricante.

Provavelmente, o equipamento possua uma (ou mais) DLL (windows, so se for linux) para acesso às funcionalidades do mesmo.
Para integrar com java, você precisa saber JNA ou JNI.

creio que pelo menos a comunicação com o relógio daqui, vai ser complicado, já que eles tem um sistema já, mas vou começa a estudar pra ver quais consigo suporte

Essa máquina de ponto é ligada à rede da sua empresa?

sim

E existe algum sistema em q ela se conecta?

Possui sim
Pelo que já ouvir sobre o java, vou ter que usar justamente o java nativo que o amigo deu a dica ali.

Que é disponibilizado pelo fabricante

Esse sistema deve ter um banco de dados. Talvez vc consegue acesso direto ao banco.

web service nao funcionaria?

Como assim, web service nunca fiz uso, mas se for necessário tem que abrir os horizontes

Vai depender de como esse sistema dessa maquina de ponto é para vc pensar numa solução.

no caso era puxar os dados que vem dele, eu já consigo pega o arquivo com pen drive e jogar no meu banco de dados, então o que está faltando mesmo é conseguir pela rede já trazer essas informações sem a necessidade de pegar um pen drive, levar ate a maquina e jogar no sistema

Cara, qual o modelo do relógio ponto e qual o fabricante?
Alguns deles oferecem exemplos, mesmo que primitivamente básicos, para implementações.

vou verificar, ela é da RW uma pointline 1.510 duocard tem um sistema que vem junto, porém esse sistema não é integrado com nosso banco de dados

No site deles (http://rwtech.com.br/) não tem nem esse modelo.
Vai ser complicado fazer isso, hein?
Tenta falar com eles, ao menos uma interface JNI ou alguma indicação JNA deve ter.

provavelmente é um modelo bem antigo, já que a empresa tem algum tempo kkkk, mas muito obrigado