Oi,
Como inicio a construção de um desfragmentador?
Você diz o desenvolvimento do mesmo? Se for, da uma procurada no Github por defragmenter. Há várias opções de códigos por lá.
Sim, no desenvolvimento.
Primeira coisa que tem que fazer é aprender/conhecer a estrutura de dados do sistema de arquivos que você quer desfragmentar, conhecendo isso, depois é basicamente o trabalho de fazer um algoritmo de ordenação para essas estruturas que, geralmente, são compostas pelo cluster, nome do arquivo e um ponteiro para o próximo cluster.