Diagrama de classes - dúvida total

Diagramas de classes na minha opinião são os mais faceis ,não vou ir de explicando sendo que tem a maneira mais facil… eu utilizo a propria ferramenta pegando o meu codigo fonte dai ela gera os diagramas de classes automaticamente, só tem um problema se estiver trabalhando em camadas ,essa geração de diagramas não respeita isso ,dai vc deria que arrumar na mão o resto

Bom, acho que sua dúvida não é com o diagrama de classes e sim com modelagem, em especial o modelo de domínio. Eu criaria as classes Usuario que se relaciona com a classe Projeto. Para criar um projeto, você pode usar o próprio construtor da classe ou criar uma Fabrica de Projetos. Alterar projetos pelo meu entendimento seria equivalente a editar seus dados, o que se daria com os métodos de edição(podem ser setters, ou melhor ainda, métodos mais inteligentes com as regras de negócio adequadas) dentro da própria classe Projeto.
Segue um exemplo:

class Usuario {
   String codigo;
   String nome;
   //getters, setters e métodos
}

class Projeto {
    String nome;
    Date dataInicio;

    public Projeto(String nome, Date dataInicio){
    //código que cria o objeto com estes dados, com as devidas validações
    }

    //getters e setters
}

class RepositorioProjetos { //o ideal é que isto fosse uma interface
     List<Projeto> listaDeProjetos;
     
     public Projeto procurarProjetoPorNome(String nome) {
     //procura o projeto no repositório e retorna
     }
}

Tem várias ferramentas que geram o diagrama partindo do código.