Editar banco de dados com java

Sem ver seu código fica difícil dizer. Mas ele deve ter várias classes e, se você colocar aqui, dificilmente alguém vai ler tudo.

Olhando por cima, parece um problema clássico de concorrência: quando as vendas são inseridas, você pega os dados de estoque atuais, subtrai X e faz um update. Mas, se entre pegar o saldo de estoque atual e fazer o update, outra venda é inserida, essa nova venda pega uma quantidade desatualizada.

Uma recomendação é, ao invés de você fazer o update pelo Java, usar uma procedure ou trigger. Assim, sempre que a tabela de venda tiver um novo registro, o estoque para aquele produto é atualizado. Pode também criar uma procedure para recontar o estoque (somando todas as vendas) e colocá-la para rodar periodicamente.

Abraço.

Bom vou tentar explicar um poco melhor é um deposito de gás e o programa faz o seguinte digamos que temos 100 botijoes de gas 50 cheios e 50 vazios então cada vez que uma venda é realizada diminui um cheio e aumenta um vazio ficando 49 cheios e 51 vazios quando a vanda e feita em momentos diferentes em cada pc tudo atualiza certo porem se 2 vendas são realizadas ao mesmo momento cada venda de um pc diferente, na tabela de vendas é acresentada 2 vendas, que é o certo que deve acontecer porem na tabela produtos a baixa é dada somente uma vez.
Não postei o codigo pq ele funciona perfeitamente ou seja o problema não é o codigo e realmente são muitas classes o problema é esse eu o descobri fazendo uma brincadeira com uma pessoa pegamos 2 vendas exatamente iguais e as realizamos no exato momento cada um de seu pc e então percebi isso