Estrutura dos arquivos - sistema php

Estou aprendendo PHP, já sei html/css/js e bootstrap, até aí okay!
Agora, como organizo os arquivos quanto ao php?
Seguinte: fiz a parte de login e coloquei dentro da pasta SISTEMA>LOGIN e dentro desta pasta login está o arquivo login + o css da página.
Agora… a conexão com o BD posso utilizar apenas uma? posso colocar o projeto em pastas separando certinho ou isso dará problemas no futuro? como vocês organizam seus projetos em php?

Pode.

Tem tempo que nao programo em PHP, mas eu organizava em pastas os arquivos relacionados a um processo do negócio. Procure sempre se organizar pela linguagem do seu negócio, dessa forma fica natural localizar algo quando pedirem alguma alteracao. Parte de infra (conexao com bd, etc) organize também em pastas, e subpastas se necessário. Além disso, importante não misturar funcionalidades em um mesmo .php.

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