Ola a todos tenho essa operação em um método
Runtime runtime = Runtime.getRuntime();
Process process = runtime.exec("cmd /c start \""+caminho+"\\"+getPasta()+"\\"+getArquivo()+"\"");
onde caminho pega o caminho inicial onde esta minha bat, o getPasta() que pega a pasta onde esta o bat e por fim o getArquivo() que pega o nome do .bat, quando eu executo abre o prompt mas nada acontece, de acordo com algumas coisas que andei pesquisando tentei colocar cmd.exe mas continua na mesma, se alguém puder ajudar fico grato.