Exista alguma outra forma de gerar o Jar

Eu criei um programa onde utilizei uma biblioteca muito específica, a ponto de ser possível somente com o Eclipse, pois o Netbeans não consegue ler tal biblioteca.
Consigo fazer que o programa funcione enquanto está na IDE ( Eclipse ), mas quando eu gero o Runnable Jar File ele não funciona da mesma forma.
Existe algum plugin ou alguma outra forma de gerar este executável?

Que biblioteca é essa que é tão mística que nem o NB consegue ler?

Teoricamente, se você configurou para exportar as libs junto do jar, deveria funcionar.

Gradle, meu amigo. Gradle.

Maven, ant… Qualquer coisa.
Agora, preciso saber que lib pic@ das galáxias é essa…

A biblioteca é FiScnSDK.

Eu nunca vi um caso assim. Biblioteca é pro JAVA, não pra IDE, então isso meio que não faz sentido. (não to dizendo que você tá errado, só to dizendo que nunca vi. Curioso, não?)

Also, você considerou utilizar o IntelliJ? Tem o ShadowJar, que é um plugin maravilhoso para isso

Muito provavelmente você deve ter configurado o classpath em uma IDE e não deve ter configurado na outra. Como alguns colegas sugeriram, o melhor caminho utilizar o Maven ou Gradle para tornar seu projeto independente de IDE.