Existe alguma annotation Hibernate que não deixa apagar uma Entidade caso tenha algum registro dela vinculado a outra entidade?

Se você utilizar uma chave estrangeira o própio SGBD não vai permitir que essa mesa seja apagada se a mesma estiver sendo referenciada em outra tabela.

pois no meu código ta permitindo, e ta bugando a lista de pedidos

Tem algo errado ai então, você criou as tabelas na mão ou foram geradas pelo Hibernate?

hibernate

Mostra ai então como está o relacionamento entre as tabelas.
Pqe de fato não era para deixar apagar o registro se ele estiver sendo usado.

@Entity

public class Mesa {

@OneToMany

private List  pedidos;

//getters e setters

}

public class Pedido{

@ManyToOne(mappedBy = “pedido”)

private Mesa mesa;

}

está assim, o hibernate ta deixando apagar entidade Pai, e os filhos ficam orfãos, gostaria de bloquear a exclusão da entidade pai se ele tiver filhos, sabe como resolvo?

Altera o seus atributos e ve se vai

@OneToMany
private List<Pedido> pedidos

@ManyToOne(mappedBy = "pedidos")//Com 's' no final
private Mesa mesa;

deu não