Li alguns tópicos a respeito da minha dúvida, mas os mesmos não satisfizeram as minhas dúvidas,
1º - Como eu crio um XSD (XML Schema) via código, li alguma coisa sobre JAXB e JAXP, mas não entendi a dinâmica, como deve ser usado para gerar este arquivo XSD.
2º - Sendo Solucionado minha primeira questão, como eu faria para gerar um XML a partir desde XSD, ou seja, gerar um XML com a validação dos campos através do XSD.
1 - se o contrato é forte eu recomendaria contract-first(escrever as regras de seu XSD na mão) depois gerar seus XML files através do XSD com XJC, mas você pode sim criar um XSD file com o JAXB veja na API o metodo generateSchema basta implementar um SchemaOutputResolver você encontra exemplos na internet. Para criar na mão as regras de validação eu uso o XMLSpy.
2 - bom esta é a parte mais simples aqui tem um post explicando marshall e unmarshall, caso tenha dúvidas com o JAXB você pode consultar a documentação da Oracle JAXB