estou aprendendo a usar o Wildfly, já consegui configurar ai tenho uma pergunta:
Estava usando o Tomcat anteriormente, e eu precisava criar o entityManager, Transação, commit, a minha pergunta é, eu não preciso mais fazer isso? o servidor faz tudo isso?
Sim, você pode deixar o container manusear tudo para você. Essa é uma das principais ideias do Java EE 
Por isso, caso você queira se aprofundar mais, é de extrema importância estudar os conceitos do Java EE mais a fundo para entender como tudo isso funciona e como utilizar esses recursos da melhor forma possível.
A API de transações, por exemplo, se chama JTA. Estudando isso, você vai entender como o container manuseia as transações, o que são commits de duas fases, como o persistence context é associado à transação, e etc. Outra coisa legal que dá para fazer é pedir para o container delegar o controle da transação para tua classe em determinados momentos seletos.
Enfim, Java EE é um mundo de assuntos interligados. Leva um tempinho para dominar tudo, mas vale muito a pena.
hum… massa conhece algum livro ou algo específico?
Tem um legal chamado “EJB 3 in Action”, que cobre bastante coisa. Tem o “Pro JPA 2” também, que fala sobre JPA no contexto do Java EE.
Algo que ajuda bastante a entender o container é ler a documentação. Vale muito a pena gastar um tempo nisso.