[color=darkred]Não entendi como o novo pacote reduziu tanto de tamanho:
jdk-1_5_0_07-windows-i586-p.exe = 64.949 Kbytes
jdk-1_5_0_08-windows-i586-p.exe = 50.714 Kbytes
Depois de instalado o diretório do JDK (somente JDK, o JRE está em outro lugar) ficou no disco com 130.543.616 bytes, 2212 arquivos, 344 pastas.
Confiram isto antes de instalar a nova versão.
[/color]
Eu nao tenho certeza, mas pode ser pelo mesmo motivo da redução do tamanho do download do NetBeans, onde foi mudado o tipo de algoritmo de compactacao do instalador. Ao invés de zip agora estão usando, se não me falhe a memória, pack200. Não encontrei material sobre isto, mas no NetBeans este foi o motivo.
É isso mesmo que foi feito. E acho que é por isso que o rt.jar fica diferente a cada vez que você instala o mesmo pacote - o que pode dar problemas se você tem algum sistema de atualização de versões, por exemplo.
Mais do que isto. Depois de baixar o JDK, antes de instalar a versão nova sugiro desinstalar a versão anterior para evitar conflitos. Você pode ter várias versões de Java na sua máquina caso precise, mas se não precisar recomendo desinstalar a versão anterior.