Se você quer um tradutor automático, sinto muito, mas muito provavelmente você não vai encontrar. Você tem o código fonte do “executável MS DOS”? Se sim, você pode ler e entender o código, e escrever algo com a mesma funcionalidade em Java. Se não, você pode escrever um programa em Java que cria um processo para o executável do MS DOS e deixa ele fazer o trabalho, com a desvantagem de só funcionar no Windows.
Como você sabe qual a funcionalidade desejada, nada te impede de escrever um programa em Java mesmo sem ter acesso ao código. Pode, inclusive, fazer até melhor do que o que já tem pronto, com interface gráfica e coisas do gênero.