Pegar certificado digital WebService SEFAZ

Ola, bom dia!!

Alguem teria algum exemplo para setar e pegar o certificado digital da empresa sem ser pelo system properties?

Estou com problema para consumir o webservice do MDFe consulta não encerrados, minha aplicação é multipla empresa, e mesmo removendo as propriedades do system properties tem ficado o certificado em cache da empresa utilizada na primeira consulta.

Não sei se é algum bug no tomcat…