Permutar valores de linhas de uma matriz

Gostaria de saber se alguém sabe me dizer um método eficiente para permutar linhas de uma matriz grande em java. Pensei em algumas soluções, mas são bem lentas. Gostaria de alguma ideia com eficiência um pouco semelhante a do matlab.

Como assim? A matriz tem quantas dimensões? 1 dimensão? 2?
Como seria essa permutação?
Seria assim: [ A11 A12 A13 A14] => [ A12 A11 A14 A13] ?

4601 x 58. Só queria permutar as linhas de maneira eficiente.

A matriz é bidimensional!