Plataforma de ensino (tecnologias usadas)

Quais tecnologias vocês usariam para fazer a parte do back-end e front-end de um site estilo Khan Academy? java no back-end seria uma boa, ou php seria melhor? entre php e java, eu tenho mais conhecimento em java, porém vejo o pessoal dizer que java EE é mais indicado para soluções empresariais, acham que não teria problema (em longo prazo) programando em java para esse projeto?

Acho que o Java EE foi criado para um tipo de arquitetura que está morrendo, ou pelo menos, perdendo muita popularidade. Ao invés de mega aplicaçoes gigantes a tendência agora é criar aplicaçoes menores mais focadas.

Dito isso, Java nao se resume ao Java EE, tem várias alternativas.
Para uma plataforma de ensino, você provavelmente vai querer uma UI mais dinâmica, entao provavelmente vai querer ter um backend apenas de serviços e uma SPA. Dá uma olhada no dropwizard que deve ser bom o bastante.

Que tipo de problema você tem medo de encontrar com java a longo prazo?

Para o front-end dá uma analisada entre Ember, Vue, Angular ou React e veja o que te serve melhor.

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Eu sugiro ASP.NET Core, pela produtividade e eficiencia da plataforma.

Java EE passe longe. Se escolher Java vá para alternativas como da Spring.

PHP é produtivo, mas é interpretado.

Front-end só tem uma opção: JavaScript. O resto são ferramentas opcionais, eu uso no máximo jquery.

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Abel Bueno, acho que no momento vou de java mesmo, por ter mais afinidade com ela, tornando o desenvolvimento mais rápido do que aprender outra linguagem do zero, também escolherei ela já que o projeto não vai ficar no ar por muito tempo, no máximo 1 ano e não vai precisar ser complexo, caso tenha um número bom de púbico ativo, refaço o projeto fazendo ele mais complexo e organizado utilizando ASP.NET, já que estou de olho faz um tempo para aprender C#

o medo que estava falando ao longo prazo era de performance, mas creio que não terei muita dor de cabeça com isso não.

Javaflex, vou de java mesmo. vai ser útil para consolidar meu conhecimento em java e não vai ser algo tão complexo, talvez no futuro quando for estudar C# farei novamente esse projeto utilizando a tecnologia ASP.NET para fazer algo mais consistente.

Morre um panda na China cada vez que alguém fala em problema de performance com Java …

Quais temores sobre performance você tem?
Se é esse teu temor, esqueça java, esqueça C# e tudo o que sugeriram e vá de nodejs no backend e vuejs, reactjs ou angularjs no front.

e como você sabe se Nodejs é uma boa opção sem antes saber qual o tipo de processamento que vai ser realizado ?

A consistencia depende mais de você mesmo do que da tecnologia, mesmo que use algo mais velho e pesado como Java.